Nachdem Muhammad über ein Jahrzehnt in der Öffentlichkeit gepredigt hatte, erreichte die Feindschaft gegen ihn einen Höhepunkt, so dass er aus Angst um ihre Sicherheit einige seiner Anhänger nach Äthiopien schickte.  Der christliche Herrscher dort gewährte ihnen Schutz, wodurch er den Muslimen immer in Erinnerung blieb.  In Mekka aber wurde die Verfolgung immer schlimmer.  Muhammads Anhänger wurden gestört, beleidigt und sogar gequält.  Schließlich wurden siebzig von Muhammads Anhängern auf seinen Befehl hin nach Norden in die Stadt Yathrib geschickt, in der Hoffnung einen neuen Wirkungskreis der islamischen Bewegung aufzubauen.  Diese Stadt wurde später umbenannt in Medina ("Die Stadt").  Später, im frühen Herbst 622, brach er mit seinem engsten Freund, Abu Bakr al-Siddieq, auf, um mit den Emigranten zu sein.  Dies ereignete genau zu der Zeit, als die mekkanischen Führer eine Verschwörung planten, um ihn zu töten. 

Als die Verschwörer in Mekka in Muhammads Haus kamen, fanden sie seinen Kousin Ali in seinem Bett vor.  Außer sich vor Wut setzten die Mekkaner eine Belohnung auf Muhammads Kopf aus und nahmen seine Verfolgung auf.  Muhammad und Abu Bakr aber hatten in einer Höhle Zuflucht gesucht, wo sie sich vor ihren Verfolgern versteckten.  Durch den Schutz Gottes zogen die Mekkaner an der Höhle vorbei, ohne sie zu bemerken, und Muhammad und Abu Bakr zogen weiter nach Medina.  Dort wurden sie voller Freude von einer großen Menschenmenge empfangen – von den Bewohnern Medinas und von den Mekkanern, die schon zuvor ausgewandert waren, um ihnen den Weg zu bereiten. 

Dies war die Hiğrah, unrichtiger Weise häufig als "Flucht" übersetzt, mit der die islamische Zeitrechnung beginnt.  Tatsache ist, dass die Hiğrah keine Flucht war, sondern eine sorgfältig geplante Auswanderung, die nicht nur einen Bruch in der Geschichte – den Beginn der Islamischen Ära - markiert, sondern für Muhammad und die Muslime auch eine neue Lebensweise.  Zukünftig bildete nicht mehr nur Blutsverwandschaft das organisatorische Prinzip der Gesellschaft, sondern etwas größeres: die Bruderschaft aller Muslime.  Die Männer, die Muhammad bei der Hiğrah begleitet hatten, wurden die Muhağiruun genannt – "diejenigen, die Hiğrah gemacht haben" oder "Auswanderer" – während die Muslime aus Medina die Ansaar oder "Helfer" genannt wurden. 

Muhammad war mit der Situation in Medina wohlvertraut.  Früher, vor der Hiğrah, waren verschiedene von den Bewohnern Medinas nach Mekka gekommen, um an der jährlichen Pilgerschaft teilzunehmen.  Der Prophet hatte die Gelegenheit dazu genutzt, um die Pilger zum Islam einzuladen, und die Gruppe aus Medina hatte auf seinen Ruf gehört und den Islam angenommen.  Sie waren es auch, die Muhammad angeboten hatten, sich in Medina anzusiedeln.  Nach der Hiğrah waren die Bewohner Medinas von Muhammads außergewöhnlichen Fähigkeiten so beeindruckt, dass die rivalisierenden Stämme und ihre Verbündeten sich zeitweilig zusammenschlossen, wie am 15. März 624 um Muhammad und seine Unterstützer gegen die Götzendiener Mekkas zu verteidigen.  

Der erste Kampf, der in der Nähe von Badr, jetzt eine kleine Stadt im Südwesten Medinas, stattfand, hatte unterschiedliche wichtige Auswirkungen.  Erstens schlugen die muslimischen Kräfte die dreifache Menge der Mekkaner in die Flucht.  Zweitens zeigte die Disziplin, die die Muslime den Mekkanern demonstrierten, vielleicht zum ersten Mal die Fähigkeiten des Mannes, den sie aus ihrer Stadt vertrieben hatten.  Drittens wurde einer der verbündeten Stämme, der geschworen hatte, die Muslime in der Schlacht bei Badr zu unterstützen und sich dann gleichgültig zeigte, als der Kampf begann, einen Monat nach der Schlacht aus Medina verwiesen.  Jenen, die behaupteten, Verbündete der Muslime zu sein, aber sie insgeheim bekämpften, wurde auf diese Weise eine Warnung erteilt: von einem Mitglied der Gemeinschaft wurde absolute Unterstützung erwartet.

Ein Jahr darauf schlugen die Mekkaner zurück.  Mit einem Aufgebot von dreitausend Mann trafen sie bei Uhud, einer Hügelkette außerhalb von Medina aufeinander.  Nach anfänglichem Erfolg wurden die Muslime zurückgedrängt und der Prophet selbst wurde verletzt.  Da die Muslime nicht vollständig geschlagen worden waren, griffen die Mekkaner Medina zwei Jahre später mit einer Armee von nunmehr zehntausend Mann wieder an, aber mit einem ganz anderen Ergebnis.  In der Grabenschlacht, auch die Schlacht der Verbündeten genannt, errangen die Muslime einen signalisierenden Erfolg, indem sie eine ganz neue Art der Verteidigung einführten.  Auf der Seite Medinas, auf der der Angriff erwartet wurde, hoben sie einen Graben aus, der zu tief war, als dass die mekkanische Reiterei ihn überwinden konnte, ohne sich den Bogenschützen, die hinter Erdwällen dahinter aufgestellt waren, auszuliefern.  Nach einer erfolglosen Belagerung waren die Mekkaner gezwungen, sich zurückzuziehenn.  Hierauf war Medina ganz in den Händen der Muslime.